Tarkvara
Siin on meie töörühma poolt välja töötatud simulatsioonimudelid.
[img_assist|nid=201|title=|desc=|link=url|url=http://www.botany.ut.ee/~meelis/bgsim.htm|align=right|width=361|height=182]
BGSIMweb - Biogeograafia veebisimulatsioon
BGSIMweb on prof. Meelis Pärteli poolt kirjutatud veebisimulatsioon biogeograafiliste protsesside mõistmiseks. BGSIMweb võimaldab luua saari ja mandreid, kontrollida liikide levimis- ning konkurentsivõimet ning uurida elurikkuse muutust ökoloogilises ja evolutsioonilises ajas. Simulatsioon on loodud biogeograafia kursuse jaoks, kuid sobib kasutamiseks kõigile.
[img_assist|nid=228|title=|desc=|link=url|url=http://www.botany.ut.ee/dispersal/|align=right|width=360|height=200]
dispeRsal - R kood levimiskauguse hindamiseks
dispeRsal on statistikaprogrammis R kasutatav funktsioon ning andmestik, mis lubab hinnata taimede levimiskaugust lihtsate taimetunnuste kaudu. dispeRsal funktsiooni abil saavad kasutajad leida maksimaalse levimiskauguse just nendele liikidele, mis neile huvi pakuvad, sisestades vaid liiginimekirja koos mõningate taimetunnustega (valikuliselt kasvuvorm, levimisviis, seemne mass, taimekõrgus ja seemne lõppkiirus). Hetkel on funktsiooni juhend vaid inglisekeelne ning funktsiooni kasutamiseks on vajalik statistikaprogramm R.
[img_assist|nid=366|title=|desc=|link=url|url=http://onlinelibrary.wiley.com/store/10.1111/jvs.12052/asset/supinfo/jvs12052-sup-0001-AppendixS1-S5.pdf?v=1&s=da9f6bfd4c0bd8fda04f3fb3bf8617ecde7ce620|align=right|width=361|height=200]Modified MPD - R skript parandatud MPD arvutamiseks (liikide rohkuse andmetega, liikide arvust sõltumatu)
Funktsiooni ´mpd´ (mean pair-wise distance) parandus paketi ´picante´ (v. 1.5-2) jaoks programmis R, kasutamaks valikut ´abundance.weighted=TRUE´. Originaalfunktsioon võtab arvesse liikide vaheliste erinevuste maatriksi diagonaali ehk liigi erinevuse iseendast (mis on alati 0) ja sõltub seega liikide arvust maatriksis. Meie parandatud funktsioon ei arvesta diagonaali ja on seega liikide arvust sõltumatu. Parandatud funktsiooni kasutamisel palume viidata Lisa 2 (kus on skript leitav) järgnevas artiklis:
Gerhold P, Price JN, Püssa K, Kalamees R, Aher K, Kaasik A & Pärtel M (2013) Functional and phylogenetic community assembly linked to changes in species diversity in a long-term resource manipulation experiment. Journal of Vegetation Science 24:843-852
Siin on meie töörühma poolt välja töötatud simulatsioonimudelid.
[img_assist|nid=201|title=|desc=|link=url|url=http://www.botany.ut.ee/~meelis/bgsim.htm|align=right|width=361|height=182]
BGSIMweb - Biogeograafia veebisimulatsioon
BGSIMweb on prof. Meelis Pärteli poolt kirjutatud veebisimulatsioon biogeograafiliste protsesside mõistmiseks. BGSIMweb võimaldab luua saari ja mandreid, kontrollida liikide levimis- ning konkurentsivõimet ning uurida elurikkuse muutust ökoloogilises ja evolutsioonilises ajas. Simulatsioon on loodud biogeograafia kursuse jaoks, kuid sobib kasutamiseks kõigile.
[img_assist|nid=228|title=|desc=|link=url|url=http://www.botany.ut.ee/dispersal/|align=right|width=360|height=200]
dispeRsal - R kood levimiskauguse hindamiseks
dispeRsal on statistikaprogrammis R kasutatav funktsioon ning andmestik, mis lubab hinnata taimede levimiskaugust lihtsate taimetunnuste kaudu. dispeRsal funktsiooni abil saavad kasutajad leida maksimaalse levimiskauguse just nendele liikidele, mis neile huvi pakuvad, sisestades vaid liiginimekirja koos mõningate taimetunnustega (valikuliselt kasvuvorm, levimisviis, seemne mass, taimekõrgus ja seemne lõppkiirus). Hetkel on funktsiooni juhend vaid inglisekeelne ning funktsiooni kasutamiseks on vajalik statistikaprogramm R.
[img_assist|nid=366|title=|desc=|link=url|url=http://onlinelibrary.wiley.com/store/10.1111/jvs.12052/asset/supinfo/jvs12052-sup-0001-AppendixS1-S5.pdf?v=1&s=da9f6bfd4c0bd8fda04f3fb3bf8617ecde7ce620|align=right|width=361|height=200]Modified MPD - R skript parandatud MPD arvutamiseks (liikide rohkuse andmetega, liikide arvust sõltumatu)
Funktsiooni ´mpd´ (mean pair-wise distance) parandus paketi ´picante´ (v. 1.5-2) jaoks programmis R, kasutamaks valikut ´abundance.weighted=TRUE´. Originaalfunktsioon võtab arvesse liikide vaheliste erinevuste maatriksi diagonaali ehk liigi erinevuse iseendast (mis on alati 0) ja sõltub seega liikide arvust maatriksis. Meie parandatud funktsioon ei arvesta diagonaali ja on seega liikide arvust sõltumatu. Parandatud funktsiooni kasutamisel palume viidata Lisa 2 (kus on skript leitav) järgnevas artiklis:
Gerhold P, Price JN, Püssa K, Kalamees R, Aher K, Kaasik A & Pärtel M (2013) Functional and phylogenetic community assembly linked to changes in species diversity in a long-term resource manipulation experiment. Journal of Vegetation Science 24:843-852